الهدف العام:
تطوير القطاع الصحي وقايةً وعلاجاً ، ومعالجة قضايا التغذية وصحة البيئة ، وبناء نظام فعال لرصد ومراقبة الأمراض الوبائية لمنع إنتشارها ومكافحتها واستئصال وترقية القدرات الدوائية تصنيعا واستيرادا وتوزيعا ورقابة على المستويين الإتحادي والولائي.
الوحدات التابعة :
القومسيون الطبي العام.
الصندوق القومي للإمدادات الطبية .
المجلس السوداني القومي للتخصصات الطبية.
بنك الدم القومي.
المعمل القومي (استاك).
مجلس المهن الطبية والصحية.
المجلس القومي للأدوية والسموم .