الهدف العام :
تطوير التعليم العالي ليكون قادرة على تزويد المواطنين بالمعرفة والمهارات اللازمة لتتواءم برامجه مع إحتياجات المجتمع وسوق العمل ، ويحقق العدالة في توزيع فرص الالتحاق بالتعليم العالي مع الإهتمام بالجودة والتميز وإقتصاد المعرفة والتكنولوجيا بما يفضي إلى تقدم الأمة وإشاعة العلم والمعرفة وبناء القدرات العلمية ، والإرتقاء بالبحث العلمي وتوظيفه لخدمة التنمية وإعلاء قيم المجتمع الروحية والإنسانية .
الوحدات التابعة :
المجلس القومي للتعلم العالي .
المجلس القومي للتعليم التقني والتقاني .
الجامعات والكليات والمعاهد العليا الحكومية والأهلية والأجنبية بالبلاد .
الصندوق القومي لرعاية الطلاب.
مجمع اللغة العربية .
معهد الخرطوم الدولي للغات .
المعهد الإسلامي للترجمة .
هيئة الطاقة الذرية السودانية .
المركز القومي للبحوث .
أكاديمية السودان للعلوم .
المعمل المركزي .
مدينة أفريقيا التكنولوجية .
معهد العلوم الطبيعية .
مركز أبحاث الإيمان .
كلية الخرطوم للعلوم والتقانة .
مركز أبحاث الطاقة .
الجهاز الرقابي للأنشطة الإشعاعية